В Школе действует медицинский пункт, в котором находятся кабинет врача, где осуществляется амбулаторный прием, и процедурный кабинет, где оказывается неотложная помощь, проводится вакцинация и выдаются лекарственные препараты.

Медицинский пункт организует различные профилактические мероприятия: мониторинг здоровья, динамика состояния здоровья воспитанников, ежегодная диспансеризация и лечебная работа (оказание первой медицинской помощи, прием заболевших воспитанников, направление их к медицинским специалистам Академии, организация взаимодействия с детской городской поликлиникой, заключившей договор с Академией).

С сентября 2015 года действует договор о медицинском обслуживании воспитанников с отделом здравоохранения Калининского района Санкт-Петербурга. Договором предусмотрено:

1) оказание первичной специализированной медико-санитарной помощи в объёме территориальной Программы;

2) осуществление профилактических медицинских осмотров врачами специалистами, включая лабораторные и функциональные исследования обучающихся в декретированные возрастные периоды;

3) проведение функционально-диагностических исследований (при необходимости);

4) включение обучающихся в план профилактических прививок и предоставление плана профилактических прививок в медицинский пункт школы;

5) обеспечение медицинскими иммунобиологическими препаратами.